На начало 2010 года в епархии существовало 209 приходов, из которых около 50 единиц было открыто после 2002 года, 245 приходских и монастырских храмов и 28 часовен. Все это происходило несмотря на то, что основное внимание в эти годы уделялось не столько открытию новых храмов, сколько наведению канонического порядка на приходах, повышению духовного и материального благосостояния приходского духовенства в бедных, открытых в 90-е годы несамодостаточных приходах в «умирающих» селах, действующих храмов в которых к 2002 году насчитывалось от общего числа до 70%. Политика губернской администрации, препятствовавшая свободному развитию Православия и строительству православных храмов в спальных городских районах, просуществовала до 2005 года, то есть до назначения нового губернатора края. В конце 2002 года священнослужители писали в епархию: «В связи с необходимостью предоставления финансового отчета в епархию докладываю, что на приходе финансовая деятельность в 2002 году не велась». Причиной этому была бедность большинства приходов, доходившая порой до крайней нищеты священнослужителей и их семей в удаленных от губернского центра селениях. И проблему эту нельзя было просто так обойти стороной, ибо чрезвычайно низкий уровень материального обеспечения духовенства с полным отсутствием у преобладающего большинства священнослужителей духовного образования и навыков субординации по отношению к Священноначалию порождали соответствующие недуги во всей епархиальной жизни, вели к деградации духовной жизни в епархии и делали непривлекательным предстоящее будущее на родине для молодых и талантливых людей из числа местного населения, которые «организованно» стремились покинуть епархию, чтобы в дальнейшем навсегда остаться служить «на стороне далече». Все это с первых же дней пребывания в епархии породило два основных направления архипастырской деятельности в Пермском крае: во-первых – это возрождение духовного образования и, во-вторых – это наведение дисциплинарно-канонического и финансово-хозяйственного порядка на приходах и в монастырях, без которых невозможно было решить ни епархиальных проблем отсутствия духовного образования, ни других серьезных проблем церковной жизни, унаследованных от времен господствующей идеологии атеизма в нашей стране. Начиная с конца 2002 года, были учреждены Комиссии при Епархиальном совете и епархиальные Отделы по различным направлениям епархиальной жизнедеятельности, большинство из которых впоследствии развились в самостоятельные направления. Одним из последних был учрежден в 2009 году епархиальный «Отдел духовной безопасности и помощи жертвам деструктивных культов и сектантского экстремизма», ибо к этому времени епархия созрела и для такого, весьма сложного и щекотливого дела. В 2002 году в Пермской епархии существовало всего 7 воскресных школ, а к 2010 году их уже насчитывалось около 80. Число священнослужителей исчислялось 293 единицами, из которых добрая треть были рукоположены после 2002 года, а процесс духовного образования коснулся двух третей от состава епархиального духовенства. Остановившийся к 2002 году прирост монашеского сообщества стал меняться в сторону качественного и количественного увеличения и составил к концу 2009 года (не считая рясофорных иночествующих и монастырских послушников): мантийных монахов – 65 и мантийных монахинь – 53.
2004 год прошел под лозунгом наведения дисциплинарно-канонического и финансово-хозяйственного порядка, а также уставных отношений в женских и мужских монастырях Пермской епархии. За годы управления епархией было открыто 4 новых монастыря: два мужских и два женских. Особое внимание уделялось возрождению монашества на севере Пермского края и в Белогорском Свято-Николаевском миссионерском мужском монастыре, который возведен на вершине Белой Горы и известен в России как «Уральский Афон». Восстановлению из руин былого величия и приданию Белогорскому монастырю статуса первенства среди монашеских обителей епархии епископ Иринарх уделял особое внимание в годы управления Пермской кафедрой. Ради этого в мае 2003 года было учреждено Некоммерческое Партнерство «Уральский Афон», главной задачей которого стало восстановление Белогорья и комплексное решение вопросов возрождения монастырского хозяйства, чтобы максимально способствовать развитию и процветанию иноческого жития на Белой Горе. В монастырской жизни белогорских насельников в эти годы произошли большие изменения: восстановлен великолепный центральный иконостас Крестовоздвиженского собора с иконами школы московского письма в стиле 17-го века, проложены подземные коммуникации и благоустроена монастырская территория, отреставрированы братские корпуса и строения монастырской трапезной, создана материально-техническая база для развития монастырского хозяйства, асфальтирована автодорога и подъезные пути к монастырю, укреплены склоны горы в целях предохранения сползания грунта вблизи от фундамента храма, возрождена богослужебная жизнь в монастырском скиту, выполнена масса внутренних и наружных работ по восстановлению исторического облика монастыря, какой он имел в дореволюционные годы до закрытия. Возрождение «Уральского Афона» на Белой Горе имеет первостепенное значение для Пермского края. Белогорье – это символ духовного возрождения всего региона, а его руины – это символ угасания духовности и падения нравов среди народов Прикамья. Значение Белогорского монастыря невозможно переоценить. Это центр духовной жизни Пермской епархии и замечательный архитектурный комплекс губернии, символизирующий собой национальную самобытность России и принадлежность ее народа к носителям великой мировой культуры. Это центр паломничества для верующих людей и, одновременно, центр туристических маршрутов Пермского края, привлекающий народ в Церковь и возвращающий его к Богу через Красоту, Которая спасает мир, лежащий во зле (1 Ин. 5, 19). В декабре 2004 года началась работа по организации православных краевых образовательных Феофановских Чтений, которые постепенно из города Перми распространились по всему краю и охватили все благочиния епархии. Ежегодно Феофановские Чтения начинались в октябре-ноябре в благочиниях и на приходах, а завершались 24 декабря в городе Перми в день блаженной кончины священномученика Феофана, епископа Соликамского, погибшего от рук палачей в 1918 году.
Начиная с 2005 года, сразу же после назначения в Пермь нового губернатора, губерния стала с большим вниманием посматривать в сторону Православия, начался процесс возвращения епархии изъятого у Церкви недвижимого имущества и совершенствования церковно-государственных или епархиально-губернских отношений в Пермском крае, которые находились до этого времени в состоянии полнейшего застоя, атеистической настороженности и недоверия по отношению к религии вообще. В отношении к Православию применялась особая политика сдерживания в его развитии, когда равенство в правах подменяется уравниловкой с другими вплоть до сектантства малочисленными религиозными объединениями. Господствовала также и практика использования Церкви исключительно в интересах губернской администрации и не более того. В 2006 году в Перми прошла первая региональная церковная выставка «Православная Русь – 2006», которая с тех пор ежегодно проходит в городе Перми. Эти выставки показали богатство и разнообрзие церковной жизни и православной культуры, заставили по иному взглянуть на развитие Православия в жизни народа и изменить взгляды интеллигенции и губернских чиновников на место Православия в современной жизни России и Пермского края в частности. В том же 2006, а затем и в 2009 годах в Пермь были доставлены со Святой Горы Афон копия чудотворной иконы Божией Матери «Отрада и Утешение» из афонского Ватопедского монастыря и два образа Иверской иконы Божией Матери. Этим актом было положено начало наполнению Пермской земли святынями, которые были навсегда уничтожены стараниями беспощадной богоборческой пермской власти времен гонений за веру на Западном Урале. В 2006 году состоялось учреждение Общества православных педагогов Пермского края, члены которого активно включились в движение за возрождение христианского воспитания детей и молодежи, активизировался процесс преподавания «Основ православной культуры» в ряде районных центров Пермской губернии. В 2007 году при активном участии Пермской епархии был воцерковлен и получил новое, более подходящее ему наименование «Прикамский Народный Собор», приуроченный к Дню славянской письменности и культуры в Пермском крае и посвященный памяти святых равноапостольных просветителей славян Кирилла и Мефодия. В 2009 году Прикамский Народный Собор впервые был соединен с торжественным Крестным ходом и праздничным молебном на Соборной площади, с участием светских представителей губернской администрации по случаю празднования Дня славянской письменности и культуры в городе Перми. Ранее мероприятия, посвященные Дню славянской письменности и культуры, скорее были похожи на пропаганду язычества в Пермском крае. 20 марта 2008 года епископ Иринарх избран Действительным членом Императорского Православного Палестинского Общества (ИППО), поскольку в этом году в Перми было восстановлено упраздненное в советское время Пермское отделение ИППО, председателем которого по благословению епископа Иринарха был назначен ректор Пермского государственного университета В. В. Маланин. В июне 2008 года, в канун празднования 285-летия основания столицы Прикамья, на Соборной площади, обретшей в этом же году свое историческое название, установлен памятник святителю Николаю, архиепископу Мир Ликийских, Чудотворцу, облик которого стал одним из символов духовного возрождения Пермского края и небесного покровительства святого угодника Божия всем, кто с верой и любовью прибегает к его заступничеству и помощи. Что же касается возрождения духовного образования в Пермской епархии на постсоветском пространстве, то этот процесс начался учреждением Пермской православной классической гимназии, которая была открыта в сентябре 2002 года как одна из структур Пермского Епархиального Управления. В последние годы гимназия получила государственное финансирование учебного процесса. Согласно запросу Управляющего Пермской епархии 26 декабря 2002 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «Преобразовать пастырские курсы Пермской епархии в двухгодичное Пермское Духовное Училище» (Журнал № 110 от 26 декабря 2002 года). Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II епископ Иринарх назначен ректором Пермского Духовного Училища (Указ от 30 декабря 2002 года за № 6917), поскольку в эти годы в Пермской епархии не было другого человека с высшим богословским образованием, способного возглавить Духовное училище. Таким образом, в 2003 году формально существовавшие так называемые «Пастырские курсы» при Свято-Троицком кафедральном соборе, начало которым было положено в 1992 году, были преобразованы в двухгодичное Пермское Духовное Училище для подготовки священно-церковнослужителей, призванных нести свое служение в храмах и учреждениях Пермской епархии. В 2004 году Пермское Духовное Училище получило государственную лицензию на свою деятельность. В этом же году комиссия Учебного комитета Русской Православной Церкви совершила проверку деятельности Духовного училища, в ходе которой было рекомендовано в основу учебного процесса положить уче6ные программы Московской Духовной Семинарии, что и было реализовано в последующей учебно-воспитательной деятельности. Все это позволило, после получения благословения Святейшего Патриарха Алексия II (Резолюция Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 25.07.2005 года за № 4732) уже в 2005-2006 учебном году перестроить двухгодичную программу на четырехлетнее обучение в Духовной школе и в соответствии с этим наращивать учебно-материальную базу. В августе 2007 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви был принят церковный образовательный стандарт высшего духовного образования. В связи с этим весь учебный процесс Пермского Духовного Училища был перестроен в соответствии с новыми утвержденными требованиями. В 2007 году была проведена проверка уставной деятельности Пермского Духовного Училища Министерством Юстиции Российской Федерации, по результатам которой сделано положительное заключение. Уровень подготовки преподавательского состава Пермского Духовного Училища обеспечил возможность создания в Пермском государственном университете кафедры Теологии в 2008 году. В этом же году кафедра Теологии Пермского государственного университета произвела первый прием слушателей для обучения по программе «Эксперт в области теологии». Благодаря этому чрезвычайно важному совместному проекту Пермской епархии и Пермского государственного университета, интеллигенция Пермского края получила возможность приобретать богословские знания и по окончании курса обучения иметь соответствующий диплом государственного образца. В связи с тем, что подготовка в Пермском Духовном Училище с первого года его существования осуществлялась по программе Духовной семинарии согласно церковному образовательному стандарту высшего духовного образования, в 2008 году была достигнута договоренность с Екатеринбургской Духовной Семинарией о приеме на 5-й курс экстерно-заочного обучения в Семинарии лучших выпускников Пермского Духовного Училища, очное обучение которых по программе пятого курса по-прежнему осуществлялось силами преподавателей Духовного училища в Перми. Таким образом, в 2009 году выпускники пастырского отделения второго выпуска Пермского Духовного Училища были удостоены права засвидетельствовать уровень своей подготовки в Екатеринбурге, успешно сдали выпускные экзамены, защитили дипломные работы и получили дипломы о высшем богословском образовании в Екатеринбургской Духовной Семинарии. Пермское Духовное Училище за годы своего существования заняло особое место в жизни города Перми и всего региона. В 2007 году оно выступило активным субъектом в подготовке и проведении Образовательного Форума Приволжского федерального округа: «Гражданин России: отечественные традиции образования и современность». Силами преподавателей и студентов Духовного училища проводились просветительские конференции, семинары, осуществлялись миссионерские поездки по Пермскому краю.
мВ 2009 году завершился шестой год обучения в Пермском Духовном Училище после его воссоздания. За время существования Училища был сформирован профессорско-преподавательский состав, способный решать задачи подготовки священно-церковнослужителей по программе высшего богословского образования. При этом из образовательной структуры Духовного училища за эти годы выделились следующие духовные школы Пермской епархии:
В 2009 году Пермское Духовное Училище произвело первый выпуск Иконописного отделения, призванного возродить в Прикамье Строгановскую школу иконописи и размещенного в Свято-Троицком мужском монастыре в городе Перми.
Пермское регентское училище, которое к 2009 году уже в течение двух лет развивалось как самостоятельное образовательное духовное учебное заведение;
Школа церковных художеств и шитья, которая проходит реорганизацию как самостоятельное образовательное учреждение, приписанное к Успенскому женскому монастырю в городе Перми.
В 2007-2008 учебном году при Пермском медицинском колледже совместно с Пермским Духовным Училищем было открыто Отделение православных медицинских сестер милосердия, выпускницы которого предназначены главным образом для трудов в клинике Института сердца города Перми.
Последним крупным шагом в становлении системы духовного образования в Пермском крае стало открытие в апреле 2008 года в Пермском государственном университете кафедры Теологии и подготовки по специальности «Эксперт в области теологии».
Все это свидетельствовало о том, что Пермское Духовное Училище способно осуществлять подготовку по программе высшего богословского образования. К этому времени общий фонд библиотеки Пермского Духовного Училища уже составлял 30064 экземпляров книг (16515 экз. – закрытый фонд и 13549 экз. – публичный фонд), который позволял обеспечить очную и заочную формы обучения согласно программе Духовной семинарии. Учебно-материальная база и профессорско-преподавательский состав позволяли решать задачи развития богословского образования в Прикамье и осуществлять подготовку студентов по программе Духовных семинарий Русской Православной Церкви. Само появление в образовательном пространстве Пермского Края Пермского духовного учебного заведения внесло значительные позитивные изменения в интеллектуальную и культурную среду Прикамья и прочно заняло свою нишу в образовательном пространстве Пермского края. В июле 2009 года был подан Рапорт на имя Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла (Рапорт от 2.07.2009 года за № 262), в котором испрашивалось благословение Его Святейшества на реорганизацию Пермского Духовного Училища в Пермскую Духовную Семинарию. В ноябре 2009 года инспекционная группа Учебного комитета Русской Православной Церкви, прибывшая из Москвы в Пермь для ознакомления с состоянием Пермского Духовного Училища, признала, что «в целом подготовленность преподавателей и уровень проведения ими занятий можно признать приемлемым для Духовной семинарии» и «пришла к выводу о возможности преобразования Пермского Духовного Училища в Пермскую Духовную Семинарию».